Pasien mudah didiagnosis menderita gingivostomatitis primer dengan melihat gambaran klinis gejala umum yang pilah dan yang diikuti dengan:

1. erupsi vesikel oral
2. ulkus oral simetris yang dangkal
3. gingivitis marginal akut
4. pasien tidak punya sejarah herpes kambuhan

Karena infeksi virus HSV 1 mudah dikenali, maka tes laboratorium jarang digunakan. Tes laboratorium digunakan apabila infeksi virus HSV tidak menampilkan gambaran klinis yang khas. Diagnosis pada pasien semacam ini memang tidak mudah. Tes laboratorium sangat penting untuk membedakan herpes primer dari eritema multiformis. Perawatan eritema multiformis yang luas meliputi penggunaan kortikosteroid sistemik. Sementara itu, penggunaan kortikosteroid dikontraindikasi dalam kasus herpes primer.

Sitologi

Vesikel baru yang masih segar bisa dibuka dan dikeruk dari dasar lesi lalu ditaruh di slide mikroskop. Slide diberi pewarna Giemsa, Wright's atau Papanicolaou. Cari sel raksasa multi nukleus, synctium, dan balon degenerasi nukleus. Hal ini membantu untuk membedakan lesi HSV dari eritema multiformis, stomatitis alergi, dan stomatitis aftus kambuhan, tapi bukan lesi varicella zoster yang juga mengandung sel raksasa multi nukleus. Pewarnaan fluorescent apusan sitologi terbukti lebih sensitif (83%) bila dibandingkan dengan sitologi rutin (54%).

Isolasi HSV

Isolasi dan netralisasi virus dalam kultur jaringan adalah metode identifikasi yang paling positif. Metode ini punya spesifisitas dan sensitivitas 100%. Ginjal kelinci primer dan ketuban manusia sama-sama sensitif terhadap HSV, tapi membran korioalantois embrio ayam juga bisa dipakai.

Klinisi harus ingat bahwa isolasi HSV dari lesi mulut tidak selalu berarti HSV penyebab lesi tersebut. Pasien yang mendapat lesi dari faktor-faktor lain juga bisa jadi karier HSV dan berfungsi sebagai wadah penampungan yang berkelanjutan untuk infeksi primer yang baru.

Titer antibodi

Bukti meyakinkan adanya infeksi HSV primer meliputi pengujian  complement-fixing antibody yang menetralisir agen-agen infeksi pada  serum akut (acute serum) dan serum pemulihan (convalescent serum) tapi jarang diperlukan dalam situasi klinis rutin dan sering tidak membantu karena hasilnya tidak akan tersedia sebelum infeksi sembuh.

Dalam lingkungan khusus, seperti pasien dengan gangguan kekebalan tubuh, spesimen serum akut harus diperoleh dalam 3 atau 4 hari dari sejak timbulnya gejala. Ketiadaan antibody yang bisa dideteksi ditambah isolasi HSV dari lesi cocok dengan kehadiran infeksi HSV primer. Antibody terhadap HSV akan mulai muncul dalam satu minggu dan mencapai puncanya dalam 3 minggu. Serum pemulihan (convalescent serum) bisa mengkonfirmasi diagnosis infeksi HSV primer dengan menunjukkan kenaikan sekurang-kurangnya empat kali lipat  antibodi anti-HSV. Jika titer antibodi anti-HSV serupa pada serum akut dan serum pemulihan, maka lesi yang jadi sumber HSV yang diisolasi itu adalah lesi kambuhan.