Penyakit gigi berlubang adalah penyakit purbakala. Penyakit ini bukan hanya diderita oleh manusia purba, tapi juga diderita oleh hewan-hewan purba.

Bukti lesi dental yang terlihat cocok dengan penyakit gigi berlubang teramati pada organisme seperti ikan Paleozoik dari 570 – 250 juta tahun yang lalu, dinosaurus mesozoik pemakan tumbuhan dari 245 – 65 juta tahun yang lalu, prehominin Eosen  dari 60 – 25 juta tahun yang lalu, dan hewan-hewan Miosen dari 25 – 5 juta tahun yang lalu dan Plestosen dari 1,6 juta  – 10 ribu tahun yang lalu. Gigi berlubang juga ditemukan pada hewan-hewan liar seperti beruang dan hewan-hewan piaraan seperti anjing.

Gigi berlubang adalah satu di antara penyakit-penyakit yang paling banyak diderita oleh manusia. Penyakit ini bukan diderita oleh manusia sejak dari purbakala. Rekonstruksi makanan yang dikonsumsi oleh manusia pada masa purba telah menyediakan banyak sekali data tentang penyakit gigi berlubang pada leluhur manusia itu.

Alur yang ada di sekitar cementum-enamel junction (CEJ) dari bicuspids dan geraham diketahui ada pada beberapa garis keturunan hominin fosil seperti Paranthropus robustus, Homo habilis, H. erectus, H. Heidelbergensis, dan H. neanderthalensis. Meskipun beberapa akademisi telah melaporkan lesi sebagai karies, analisis terbaru yang dilakukan pada spesimen Homo erectus dari Olduvai Gorge (1,84 juta tahun yang lalu) menunjukkan bahwa prakara itu bisa saja erosi yang dihasilkan oleh kebiasaan menggunakan semacam tusuk gigi (Ungar et al., 2001).

Juga, catatan paleopatologi rahang ATE9-1 (Homo sp. - Sima del Elefante, Sierra de Atapuerca, Spanyol) menyarankan fosil hominin tertua di Eropa Barat (1,3 juta tahun yang lalu) dan menunjukkan banyak lesi maksila seperti hiperpanosis , deposit kalkulus, penyakit periodontal, lesi kistik dan faset aus anomali yang cocok dengan pemakaian tusuk gigi tapi tidak ada karies pada gigi itu (Martinón et al., 2011).