Bukan hanya faktor pendukung oseointegrasi, faktor penghambat oseointegrasi juga memengaruhi apakah oseointegrasi akan berhasil atau tidak. Sekurang-kurangnya ada 7 faktor penghambat oseointegrasi yang sudah dikenal:

1. Kematian sel (osteonekrosis)

Panas tinggi lebih dari 47 °C yang dihasilkan dari pengeboran tulang bisa mematikan sel-sel tulang di sepanjang tepian lubang yang dibor. Sel tulang yang mati tidak dapat merespon kehadiran implant dan tidak bisa menjalankan proses penyembuhan. Akibatnya, proses oseointegrasi gagal sebelum dimulai. Hal ini diantisipasi dengan mengalirkan air di daerah yang dibor.

2. Mobilitas implan

Oseointegrasi teramati tetap berlangsung pada implant yang bergerak mikro sejauh 30 μm. Namun, implant yang bergerak mikro lebih dari 150 μm dilaporkan mengalami gangguan dan hambatan oseointegrasi. Pada umumnya, gerakan mikro (micro motion) pada permukaan implant mengganggu diferensiasi jaringan dan gerakan mikro yang berlebihan telah dibuktikan mengganggu oseointegrasi implan.

Lebih jauh lagi, mobilitas implant bisa menyebabkan infeksi. Infeksi memicu reaksi kekebalan tubuh manusia. Sehingga, respon yang terjadi adalah respon imunitas alih-alih respon penyembuhan tulang yang mengarah pada oseointegrasi.

Mobilitas implant diantisipasi dengan menyarankan pasien untuk tidak makan makanan keras setelah implant terpasang. 

3. Ketidaktepatan porositas  lapisan implan

Ketidaktepatan porositas lapisan implant berpori menghambat pertumbuhan tulang. Pori-pori yang sempit ditemukan menghambat pertumbuhan osteoblas dan diferensiasi jaringan tulang karena vaskularisasi yang tidak memadai.

4. Terapi radiasi

Sinar radiasi dari terapi radiasi dapat menembus sel-sel tubuh manusia dan mematikannya. Sinar radiasi itu dipantulkan oleh permukaan implant ketika sinar itu mengenai permukaan implan. Karena permukaan implant berbentuk cembung, maka pantulan sinar radiasi akan menyebar ke lingkungan sekelilingnya. Sel-sel jaringan tulang yang terkena sinar ini akan mengalami nekrosis. Sehingga, proses oseointegrasi yang melibatkan sel-sel tulang akan terganggu atau bahkan terhenti sama sekali karena sel-sel itu mati.

Hindari sinar radiasi mengenai daerah sekitar implan. Jika tidak sangat terpaksa, tunda terapi radiasi. Bila terpaksa menjalani terapi radiasi, konsultasikan dengan dokter gigi implant dan pakar radiologi yang menangani terapi radiasi Anda.

5. Agen-agen farmakologi

Beberapa agen farmakologi berperan menghambat oseointegrasi, antara lain:

• cyclosporin A
• methotrexate dan cis-platinum
• warfarin
• heparin dengan bobot molekul yang rendah
• obat-obatan anti-inflamasi non-steroid, khususnya inhibitor COX-2 inhibitors selektif,

6. Kondisi kesarasan pasien sebelum operasi

Ada sejumlah penyakit yang berpotensi menggagalkan oseintegrasi, antara lain: 

• osteoporosis
• rheumatoid arthritis
• kurang gizi
  Kondisi kurang gizi bisa menyebabkan hambatan pada proses oseintegrasi karena proses ini melibatkan regenerasi sel dan proses penyembuhan jaringan yang rusak. Seperti yang kita ketahui bersama, regenerasi sel dan proses penyembuhan memerlukan gizi yang cukup.
• penyakit ginjal
• hepatitis C. 

7. Kebiasaan dan gaya hidup pasien

Kebiasaan dan gaya hidup pasien berperan besar dalam menentukan kesuksesan atau kegagalan oseointegrasi dan implant gigi. Kebiasaan dan gaya hidup yang telah diketahui menghambat oseointegrasi meliputi:

• Merokok
• Kerot (bruxisme)
• Mengkertakkan gigi (clench)
• Jarang membersihkan mulut. Misalnya, sikat gigi kurang dari 2x sehari.
• Pekerjaan, profesi, atau kegiatan yang rawan menyebabkan mulut mengalami trauma, seperti olahraga bertinju, dsj.