Dari keberadaan gigi berlubang pada primata, kita dapat mempertimbangkan bahwa sumber natural karbohidrat bisa menimbulkan lesi karies. Bakteri dalam mulut manusia dapat memroses karbohidrat menjadi gula dan asam yang dapat merusak gigi.

Karies telah dilaporkan pada individu usia dewasa Pongo pygmaeus (4,1%), Gorilla gorilla (2,7%), Hylobates (0,9%) dan Pan troglodytes (12,7% pada remaja dibandingkan 30,6% pada dewasa - Crovella & Ardito, 1994; Schultz, 1956). Jadi, pada kera modern, penyakit ini ada meskipun mereka sebagian besar herbivora dengan diet mentah hanya berdasarkan beberapa umbi tepung jika ada (Kilgore, 1995; Miles & Grigson, 1990).

Manusia Neanderthal dari era 230.000-30.000 tahun yang lalu) menunjukkan tingginya prevalensi hipoplasia enamel, kehilangan gigi antemortem, penyakit periodontal, dan abses namun karies gigi sangat jarang terjadi di antara mereka (Brennan, 1991; Brothwell, 1963; Grine et al., 1990; Ogilvie, 1989). Enam kasus karies gigi (0,48%) telah dilaporkan terjadi pada sekitar 1250 gigi manusia Neanderthal yang diketahui (Lalueza et al., 1993; Lebel & Trinkaus, 2001; Tillier et al., 1995; Trinkaus et al., 2000; Walker et al., 2011).

Kehadiran karies di Neanderthal menunjukkan adanya plak gigi patogen dan kondisi makanan yang cocok dengan konsumsi beberapa karbohidrat kariogenik meskipun gaya hidup pemburu-pengumpul dan iklim dingin ada selama Paleolitik Tengah (Trinkaus et al., 2000).

Karies gigi sudah ada pada permulaan era manusia modern tapi masih langka (Homo sapiens Eropa dan Timur Dekat) selama Paleolitik Atas. Karies telah diidentifikasi pada Qafzeh 3 dan Skhul 2 di Israel (Fryer, 1976; Boydstun et al., 1988), dan hanya Cro-Magnon 4, Les Rois R50-4 dan Les Rois R51-15 yang telah diidentifikasi punya karies di Eropa (Brennan, 1991; Trikanus et al., 2000). Karies lebih banyak ditemukan di kalangan manusia Eurasia pengumpul makanan yang lebih baru, namun frekuensi karies tetap di bawah 10% (Brothwell, 1963; Caselitz, 1998).