Pasien periksa ke dokter biasanya dengan kondisi penyakit yang sudah berkembang sepenuhnya. Dalam kondisi pasien yang seperti ini, dokter tetap perlu tahu sejarah mengenai modus serangan. Riwayat ini berguna sekali untuk memberdakan antara infeksi HSV primer dari beraneka macam lesi akut lainnya yang juga menyerang mulut manusia. Masa inkubasi infeksi herpes primer umumnya antara 5 hari hingga 7 hari. Ada yang masa inkubasinya antara 2 hari hingga 12 hari, tapi prakara itu tidak umum.

Pasien umumnya mengalami gejala-gejala prodromal umum selama 1 sampai 2 hari. Hal ini akan membantu membedakan infeksi virus ini dari stomatitis atau eritema yang dikarnakan oleh alergi.Pada stomatitis dan eritema, lesi lokal dan gejala sistemik muncul berbarengan. Gejala umum ini meliputi demam, sakit kepala, badan terasa tidak enak, mual, dan muntah. Riwayat negatif herpes labialis kambuhan dan sejarah positif kontak dengan pasien penderita herpes primer atau herpes kambuhan juga bisa membantu diagnosis.

Sekitar 1 sampai 2 hari setelah gejala-gejala prodromal, vesikel kecil muncul pada mukosa mulut. Vesikel ini berdinding tipis dengan dikelilingi basis inflamasi. Vesikel selanjutnya pecah dengan cepat sehingga bekasnya terlihat borok/ ulkus diskret yang melingkar dan cekung dangkal. Lesi terjadi pada semua bagian mukosa. Selama penyakit ini terus bergerak maju semakin parah, beberapa lesi bisa menyatu sehingga membentuk lesi yang lebih besar dengan bentuk yang tidak beraturan.

Kriteria diagnosis yang penting dalam penyakit ini adalah kemunculan gingivitis umum yang marginal dan akut. Keseluruhan gingiva mengalami edema dan inflamasi. Beberapa ulkus gingival kecil sering terlihat. Pemeriksaan faring posterior akan menyingkapkan inflamasi, dan kelenjar-kelenjar limfa servikal dan submandibula akan membengkak dan jadi empuk. Kadang-kadang, HSV primer bisa menyebabkan lesi kulit labial dan fasial tanpa lesi intra-oral.

HSV primer pada beberapa orang lainnya yang kondisinya saras bisa sembuh dengan sendirinya. Demam akan hilang dengan sendirinya dalam 3 hingga 4 hari. Lesi akan sembuh sendiri dalam waktu 10 hari. Daya tahan tubuh dari penderita memungkinkan prakara itu terjadi. Walaupun begitu, virus HSV tetap ada pada air liurnya selama setidaknya satu bulan setelah penyakit itu sembuh.