A. Kulit

Kulit pada umumnya dapat menghalangi mikroorganisme-mikroorganisme penyerbu kecuali bila terganggu secara fisik (contohnya, mengalami cedera, kateter IV, atau insisi bedah). Di luar kondisi umum, ada beberapa mikroorganisme yang bisa menembus kulit, termasuk:

• Human papillomavirus
  Virus ini bisa menembus masuk kulit normal sehingga menimbulkan kulit.
• Beberapa macem parasit 
  Beberapa macem parasit bisa menembus kulit manusia. Contohnya, Schistosoma mansoni dan Strongyloides stercoralis.

B. Membran Mukosa

Banyak membran mukosa dilumuri sekresi-sekresi yang punya properti anti-mikroba. Contohnya, mukus serviks, cairan prostat, dan air mata yang mengandung lisozim. Lisozim punya kemampuan untuk membelah ikatan asam muramat pada dinding sel bakteri, terutama organisme-organisme gram positif. Sekresi lokal juga mengandung imunoglobulisn, terutama IgG dan IgA yang mencegah mikro organisme agar tidak menyerang sel-sel inang.

C. Saluran Respirasi

Saluran respirasi punya filter saringan udara atas. Jika organisme-organisme penyerang mencapai pohon trakeobronkial, maka epitel mukosiliar akan membawa mereka menjauh dari paru-paru. Batuk juga membantu untuk mengusir para penyerbu itu. Jika organisme-organisme tersebut mencapai alveoli, maka makrofag alveolar dan histiosit jaringan akan menelan organisme-organisme tersebut.

Namun, pertahanan dari tubuh ini bisa diatasi oleh organisme dengan strategi kuantitas yang besar atau oleh gangguan efektivitas yang berasal dari polutan udara (misalnya, asap rokok) atau gangguan pada mekanisme perlindungan (misalnya intubasi endotrakeal, trakeostomi).

D. Saluran Gastrointestinal

Penghalang saluran gastrointestinal meliputi pH asam dalam perut dan aktivitas anti-bakteri dari enzim-enzim pankreas, empedu, dan sekresi usus.

Gerakan peristalsis dan sel-sel epitel yang lepas secara normal berguna untuk mengeluarkan bakteri dari dalam saluran gastrointestinal. Apabila peristalsis melambat, maka proses pengeluaran bakteri juga melambat sehingga memperlama proses infeksi. Contohnya, sigelosis simtomatik. Perlambatan peristalsis bisa dikarenakan oleh obat-obatan, seperti belladonna atau opium alkaloid.

Gangguan yang terjadi pada mekanisme pertahanan saluran gastrointestinal bisa mempredisposisi pasien pada infeksi-infeksi tertentu. Misal, achlorhydria adalah predisposisi untuk salmonellosis

Flora usus yang normal juga bisa menghambat patogen. Antibiotik bisa mengubah flora-flora usus ini. Dampaknya, mikroorganisme patogen inheren bisa berkembangbiak dalam jumlah yang berlebihan. Contohnya,Salmonella typhimurium. Dampak lainnya adalah superinfeksi oleh organisme komensal biasa, misalnya Candida albicans.

E. Saluran Genitouriner

Hambatan saluran genitouriner mencakup panjang uretra (20 cm) pada pria, pH asam vagina pada wanita, dan keadaan hipertonik medula ginjal.
Ginjal juga memproduksi dan mengeluarkan sejumlah besar mukoprotein Tamm-Horsfall yang mengikat bakteri tertentu agar mereka jadi kurang berbahaya bagi manusia.