Kelompok bakteri Streptococcus milleri ditemukan dalam 65% kasus infeksi odontogenik. Inilah kelompok bakteri aerobik yang paling dominan dalam infeksi itu. 

Kelompok bakteri Streptococcus milleri terdiri dari tiga anggota kelompok bakteri S. viridans, yaitu: S. anginosus, S. intermedius, dan S. constellatus. Organisme-organisme fakultatif ini bisa tumbuh tanpa adanya oksigen. Karena tidak perlu oksigen untuk hidup, bakteri-bakteri ini bisa masuk ke daerah-daerah yang lebih dalam. 

Bakteri lain hanya menyumbang 5% kasus atau kurang dalam infeksi odontogenik. Keterlibatan bakteri staphylococci, Streptococcus grup D, streptococci lain, Neisseria spp., Corynebacterium spp., dan Haemophilus spp. jarang ditemukan.

Tabel di atas menunjukkan ada banyak ragam spesies bakteri anaerobik yang ditemukan dalam infeksi odontogenik. Ada dua kelompok utama yang paling mendominasi,  yaitu bakteri anaerobik Streptococcus and Peptostreptococcus. Bakteri batang anaerobik gram negatif dalam mulut dikultur dalam tiga perempat infeksi.

Prevotella dan Porphyromonas spp. ditemukan dalam sekitar 75% dari infeksi tersebut dan organisme Fusobacterium ditemukan dalam lebih dari 50% infeksi.

Di antara bakteri-bakteri anaerobik, beberapa kokus gram positif dan gram negatif memainkan peran patogen yang tidak dapat diabaikan. Contoh dari bakteri gram positif meliputi Streptococcus dan Peptostreptococcus spp., sedangkan contoh dari bakteri gram negatif meliputi Prevotella dan Fusobacterium spp.

Kokus gram negatif anaerobik dan bakteri batang gram positif anaerobik hanya punya sedikit peran atau tidak punya peran dalam asal-mula terjadinya infeksi odontogenik. Malah, mereka terlihat sebagai organisme oportunistik.