Infeksi odontogenik pada umumnya terjadi karena serangan dari bakteri yang sudah lama menetap dan tinggal dalam mulut manusia selama bertahun-tahun. Bakteri-bakteri ini biasanya tinggal dalam plak dan dapat ditemukan dalam kehidupan sehari-hari di permukaan mukosa dan sulkus gingiva. Ada infeksi odontogenik yang terjadi karena serangan bakteri baru dari luar tubuh manusia, tapi prakara semacam ini lebih jarang terjadi. 

Bakteri tersebut terutama bakteri kokus gram positif aerobik, bakteri kokus gram positif anaerobik, dan bakteri batang gram negatif anaerobik. Mereka menyebabkan aneka ragam penyakit dalam mulut, seperti karies gigi, gingivitis, dan periodontitis.

Ketika bakteri-bakteri ini memperoleh akses ke jaringan yang lebih dalam melalui nekrosis pulpa gigi atau melalui kantung periodontal yang dalam, maka mereka memicu terjadinya infeksi odontogenik. Seiring laju infeksi yang makin dalam, anggota-anggota flora penginfeksi lainnya menemukan kondisi pertumbuhan yang lebih baik sehingga pertumbuhannya melebihi spesies yang sebelumnya dominan.

Penelitian tentang infeksi odontogenik sudah banyak dilakukan dengan tingkat kecermatan yang tinggi. Penelitian-penelitian tersebut sukses menunjukkan komposisi mikrobiologis infeksi-infeksi ini. Beberapa prakara penting yang dicatat dari penelitian tersebut adalah sebagai berikut:

1. Kondisi polimikrobial

Hampir semua infeksi odontogenik terjadi karena banyak macem mikroba. 
Karena kondisi infeksi ini melibatkan banyak mikroba, maka dokter perlu mengerti tentang aneka ragam bakteri yang terlibat dalam infeksi itu. Pada sebagian besar kejadian infeksi odontogenik, laboratorium bisa mengidentifikasi rata-rata lima spesies bakteri. Bahkan, dalam situasi yang tidak biasa, laboratorium bisa mengidentifikasi hingga delapan spesies bakteri yang berbeda dalam satu infeksi. Dalam peristiwa yang langka, hanya ditemukan satu spesies dalam satu infeksi. 

Kemajuan di bidang sains dan teknologi menghasilkan metode-metode molekuler yang baru. Metode-metode ini bisa dipakai untuk mengidentifikasi spesies penginfeksi berdasarkan susunan genetiknya. Dampaknya, para peneliti bisa mengidentifikasi sejumlah besar spesies baru yang terlibat dalam infeksi odontogenik, termasuk patogen-patogen yang tidak bisa dikultur dan yang sebelumnya tidak pernah disangka ternyata punya hubungan rahasia dengan infeksi-infeksi odontogenik.

Bidang sains dan teknologi masih terus melaju dengan kecepatan supersonik. Kita bisa berharap akan ditemukan metode baru yang dapat semakin menyingkap patogenesis infeksi-infeksi odontogenik.

2. Toleransi oksigen

Faktor penting kedua adalah toleransi terhadap oksigen dari bakteri-bakteri yang menimbulkan infeksi odontogenik. Karena flora dalam mulut manusia merupakan gabungan dari bakteri aerobik dan anaerobik, maka bukanlah prakara yang aneh apabila sebagian besar infeksi odontogenik didapati ternyata berkaitan dengan bakteri aerobik dan anaerobik. Bakteri aerobik saja hanya menghasilkan 6% infeksi odontogenik dan bakteri anaerobik saja hanya menghasilkan 44% infeksi odontogenik. Sisanya, sebanyak 50% kejadian infeksi odontogenik, dihasilkan oleh gabungan keduanya.

Sumber: Brook I, Frazier EH, Gher ME: Aerobic and anaerobic microbiology of periapical abscess. Oral Microbiol Immunol 6:123–125, 1991.